Причина в разности температур, расширения при варке белка и желтка, удары во время закипания об дно и стороны варочной ёмкости.. . . . ..а ещё.. ...разность толщины скорлупы, разность состава скорлупы и состава внутри яйца, разность свежести яиц хоть всё это небольша... 

Причина в разности температур, расширения при варке белка и желтка, удары во время закипания об дно и стороны варочной ёмкости.. . . . ..а ещё.. ...разность толщины скорлупы, разность состава скорлупы и состава внутри яйца, разность свежести яиц хоть всё это небольшая(разные куры), но достаточно, чтобы при равных условиях варки, одно, два из десятка, лопнули во время сварения... . . . ... .немного уравняйте разность яиц - начало, холодная вода, а не в кипяток, не из холодильника сразу варить, подсолить чуть воду, чтобы не сразу, и не сильно кипела, на дно можно положить типа блюдца, чтобы не сильно бурлил кипяток паром.. . . . . ...