Согласно преданию, монастырь основан около 1330 года родоначальником рода Годуновых и Сабуровых татарским мурзою Четом, бежавшим из Золотой Орды к Ивану Калите и принявшим в Москве крещение под именем Захария.

В годы Смуты монастырь пережил период упадка: после обращения царя Василия Шуйского за финансовой помощью для войны с Иваном Болотниковым и Тушинским вором архимандрит обители Феодосий и игумен соседнего костромского Богоявленского монастыря Арсений в октябре 1608 года отправились в Тушино, где и принесли присягу Лжедмитрию II. С этого времени монастырь находился в руках сторонников Лжедмитрия II и патриарха Филарета

В кельях монастыря,построенных в 1583 году,с осени 1612 года жили юный Михаил Романов со своей матерью монахиней Марфой.13 марта 1613 года в монастырь прибыло посольство Земского собора, избравшего 16-летнего Михаила царём,во главе с архиепископом рязанским Феодоритом, келарем Троице-Сергиева монастыря Авраамием Палицыным и боярином Фёдором Шереметевым. 14 марта в Троицком соборе монастыря был совершён торжественный обряд призвания на царство Михаила Романова, положивший конец Смутному времени.

Источник: Википедия

Отлично